조세특례제한법 시행령 제9조 제1항에 "연구 및 인력개발비에 대한 세액공제"대상은 자체 연구개발의 경우 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 연구개발업무에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비라고 규정하고 있고 같은 법 시행규칙 제7조에 동 시행령 별표 6의 제1호 가목에서 "연구소 또는 전담부서"란 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서로 규정하고 있습니다.
따라서, 기업부설연구소로 인정을 받기 전에 발생한 비용과 기업부설연구소가 연구시설 등에 대한 세부요건을 충족하지 못하여 인정이 취소된 후 발생한 인건비 등 비용은 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제대상에 해당하지 아니하나 취소 전까지 발생한 연구인력개발비는 공제가 가능한 것이므로 전담부서 취소 전까지 발생한 연구인력개발비는 세액공제가 가능할 것입니다.
[ 관련판례 ]
법인, 조심 2010서0949, 2010. 7. 1. 기각
[ 제 목 ]
연구 및 인력개발비에 대한 세액공제(기각)
[ 결정요지 ]
연구소 인정을 받기 전이거나 인정이 취소된 후부터 연구개발전담부서로 인정받은 때까지 발생한 비용은 연구인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없음.
조특, 법인세과 - 325 , 2009.03.24
[ 제 목 ]
위탁개발비 및 연구개발전담부서의 연구 및 인력개발비 세액공제 여부
[ 회 신 ]
과학기술부장관에게 연구개발전담부서로 적법하게 신고하기 전에 동 전담부서에서 발생한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 없는 것입니다.
[ 관련법령 ]
조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】
① 법 제10조 제1항 제1호 각 목 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 신성장동력 분야의 연구개발비 또는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비”란 다음 각 호의 구분에 따른 비용(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발비”라 한다)을 말한다. 다만, 제8조 제1항 각 호에 해당하는 비용은 제외한다.
1. 자체 연구개발의 경우: 다음 각 목의 비용
가. 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력ㆍ원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 “신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무”라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다.
나. 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비
2. 위탁 및 공동연구개발의 경우: 기획재정부령으로 정하는 기관에 신성장동력ㆍ원천기술연구개발업무를 위탁(재위탁을 포함한다)함에 따른 비용(전사적 기업자원 관리설비 등 시스템 개발을 위한 위탁비용은 제외한다) 및 이들 기관과의 공동연구개발을 수행함에 따른 비용
조세특례제한법 시행규칙 제7조【연구 및 인력개발비의 범위】
① 영 별표 6 제1호 가목 1)에 따른 연구소 또는 전담부서란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서등"이라 한다)를 말하며, 영 별표 6의 제1호 가목 1)에 따른 연구개발서비스업이란「국가과학기술 경쟁력 강화를 위한 이공계지원 특별법」제18조 제2항에 따라 미래창조과학부장관에게 신고한 연구개발서비스업 중 같은 법 제2조 제4호 가목에 따른 연구개발업(이하 이 조에서 "연구개발서비스업"이라 한다)을 말한다.
1.140201「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」제14조의 2 제1항에 따라 미래창조과학부장관의 인정을 받은 기업부설연구소 또는 연구개발전담부서
2.「문화산업진흥 기본법」제17조의 3 제1항에 따른 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서
[별표 6] 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용(제8조제1항 관련)
가. 자체연구개발
1) 연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 “전담부서등”이라 한다)에서 근무하는 직원(다만, 연구개발과제를 직접 수행하거나 보조하지 않고 행정 사무를 담당하는 자는 제외한다) 및 연구개발서비스업에 종사하는 전담요원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비. 다만, 다음의 인건비를 제외한다.
가) 「소득세법」 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액
나) 「소득세법」 제29조 및 「법인세법」 제33조에 따른 퇴직급여충당금
다) 「법인세법 시행령」 제20조제1항 각 호에 따른 성과급 등
2) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 연구용으로 사용하는 견본품ㆍ부품ㆍ원재료와 시약류구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)
3) 전담부서등 및 연구개발서비스업자가 직접 사용하기 위한 연구ㆍ시험용 시설(제10조제1항에 따른 시설을 말한다. 이하 같다)의 임차 또는 나목1)에 규정된 기관의 연구ㆍ시험용 시설의 이용에 필요한 비용