연구비 부적정금액 환수
정부출연 연구기관의 연구비 집행지침에 따라 감사결과 연구비 부적정금액을 반납시 수정계산서를 발급해야 하나요?

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이 경우, 사계약상의 의무불이행으로 법인이 부담하는 연구비 부적정 집행액 반납금액에 대하여는 지급사유가 법인에게 책임이 있고 사회통념상 적정하다고 인정되는 경우에는 손금인정을 받을 수 있으며, 재화나 용역을 공급받고 그 대가를 지급하는 것이 아니므로 관련 증빙으로는 송금증, “연구비 부적정 집행금액 환수 공문” 등을 갖추면 되는 것입니다.
 

다만, 사업자가 세금계산서나 계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 당해 증감사유가 발생한 때에 부가가치세법 시행령 제70조 제1항 제3호의 규정에 따라 수정계산서 또는 수정세금계산서를 발급할 수 있는 것입니다.

결론은, 연구비 부적정 집행액의 반납은 주관기관과 연구수행기관간 계약(협약)에 따라 연구비 집행기준에 위배해서 집행한 경우에 해당 집행금액을 연구책임자의 책임하에 반납하게 하는 것으로서, 이는 계약의무 불이행에 따라 징벌적 성격으로 지급하는 위약금의 성격에 해당하는 것이므로, 수정계산서 발급대상에 해당되지 않는 것입니다.

즉, 사업자가 연구용역의 공급이 완료되고 정부출연 연구기관의 연구비 집행지침에 따라 감사결과 연구비 부적정 집행액 반납금액에 대하여 수정계산서를 발급해야 하는지 여부는 정부출연 연구기관과의 연구용역 계약내용, 대가의 지급관계 등 거래의 실질에 따라 판단하여야 하는 바, 연구비 부적정금액 반납이 계약의 조건으로 규정되어 있는 경우에는 위약금으로 보아 (-)수정계약서 발급 대상이 아닌 것입니다.

한편, 거래상대방이 대금에 대하여 정산을 하는 과정에서, 또는 거래당사간에는 대금정산에 대해서 합의를 하였으나, 발주처가 상급기관으로부터 감사를 받는 과정에서 공사대금 정산에 대한 지적사항이 발생된 결과, 당초 공급가액에 변동이 생긴 경우에는 수정계산서 또는 수정세금계산서를 발행할 수 있는 것입니다.

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