안녕하십니까? 항상 국세행정에 대한 관심과 협조에 감사드립니다.

소득세법 제137조에 따라 연말정산을 할 때 해당 근로소득자가 종합소득공제 및 세액공제를 적용받으려는 경우에는

해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득을 받기 전에 원천징수의무자에게 해당 공제 사유를 표시하는 신고서를 제출하여야 합니다.

따라서, 질의하신 경우에 근로자가 회사 연말정산 시기에 소득세액공제 받을 서류를 제출하지 않아 연말정산을 원하지 않는 경우에는 기본공제, 표준세액공제 등만 적용하여 소득세 세액정산하여 사업장 관할세무서에 제출하시면 되며,

이 경우 근로자가 소득세액공제 서류를 제출하지 않아 연말정산을 원하지 않는 경우라도 기본공제, 표준세액공제 등을 적용하여 소득세 세액정산은 하여야 하여 관할세무서에 근로소득지급명세서를 3월10일까지 제출하여야만 합니다. 

한편, 근로자는 회사 연말정산 기간에 소득세액공제 서류를 제출하지 않아 공제받지 못한 항목에 대하여 5월1일~31일 사이의 종합소득세 신고기한에 근로자의 주소지 관할세무서에 소득세액공제 서류를 제출하여 연말정산을 신청할 수 있습니다.

* 근로자 연말정산 등에 대하여 국세청 홈페이지- 국세상담정보 - 연말정산상담정보 분야를 참고하시면 많은 도움이 되실 것입니다.



[관련조문]

소득세법 제140조 【근로소득자의 소득공제 등 신고】



① 제137조에 따라 연말정산을 할 때 해당 근로소득자가 종합소득공제 및 세액공제를 적용받으려는 경우에는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득을 받기 전(퇴직한 경우에는 퇴직한 날이 속하는 달의 근로소득을 받기 전)에 원천징수의무자에게 해당 공제 사유를 표시하는 신고서(이하 "근로소득자 소득ㆍ세액 공제신고서"라 한다)를 대통령령으로 정하는 바에 따라 제출하여야 한다. <개정 2010.12.27, 2013.1.1, 2014.1.1>

② 근로소득자 소득ㆍ세액 공제신고서를 받은 주된 근무지의 원천징수의무자는 그 신고 사항을 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서장에게 신고하고 종된 근무지의 원천징수의무자에게 통보하여야 한다. <개정 2014.1.1>

③ 일용근로자에 대해서는 제1항과 제2항을 적용하지 아니한다.

소득세법 제137조 【근로소득세액의 연말정산】



① 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급할 때에는 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소득세(이하 이 조에서 "추가 납부세액"이라 한다)를 원천징수한다. <개정 2014.1.1, 2015.3.10>

1. 근로소득자의 해당 과세기간(퇴직자의 경우 퇴직하는 날까지의 기간을 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 근로소득금액에 그 근로소득자가 제140조에 따라 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 적용하여 종합소득과세표준을 계산

2. 제1호의 종합소득과세표준에 기본세율을 적용하여 종합소득산출세액을 계산

3. 제2호의 종합소득산출세액에서 해당 과세기간에 제134조제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제에 따른 공제세액을 공제하여 소득세를 계산

② 제1항제3호에서 해당 과세기간에 제134조제1항에 따라 원천징수한 세액, 외국납부세액공제, 근로소득세액공제, 자녀세액공제, 연금계좌세액공제 및 특별세액공제에 따른 공제세액의 합계액이 종합소득산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과액을 그 근로소득자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 환급하여야 한다. <개정 2014.1.1>

③ 원천징수의무자가 제140조에 따른 신고를 하지 아니한 근로소득자에 대하여 제1항을 적용하여 추가 납부세액을 원천징수할 때에는 기본공제 중 그 근로소득자 본인에 대한 분과 표준세액공제만을 적용한다. <개정 2014.1.1, 2015.3.10>

④ 제1항에도 불구하고 추가 납부세액이 10만원을 초과하는 경우 원천징수의무자는 해당 과세기간의 다음 연도 2월분부터 4월분의 근로소득을 지급할 때까지 추가 납부세액을 나누어 원천징수할 수 있다. <신설 2015.3.10>

답변이 도움이 되셨기를 바라며, 항상 건강하시고 행복하시기를 기원합니다