안녕하십니까? 항상 국세행정에 대한 관심과 협조에 감사드립니다.

우선, 소득공제신고서를 접수한다는 의미가 다소 불분명하여 회사에서 연말정산시 누락된 소득공제가 있어서 추가로 공제에 반영하는 홈택스 신고 방법을 문의하신 것으로 이해하고 답변드리는 점 양해 바랍니다. 

회사가 연말정산할 때에 제출한 소득공제신고서가 국세청에 제출한 자료인 국세청홈택스 → [My홈택스]→ [ 지급명세서등제출내역 ]에서 2019년 귀속 근로소득지급명세서를 조회해보시기 바랍니다.

2019년 귀속 근로소득원천징수영수증(지급명세서)에 결정세액이 있고, 누락된 소득공제 등이 있어 종합소득세 신고를 통해서 환급받을 수 있는 세액이 있다면

2020년 6월 1일까지의 2019년 귀속 종합소득세 정기신고 기간 중에  국세청홈택스 [신고/납부] → 종합소득세 → 근로소득자신고서 → [정기신고작성]를 선택하여

회사가 국세청에 제출한 연말정산한 근로소득 자료(급여, 공제 모두 선택)를 불러오기한 후에 소득공제란, 세액공제란의 항목의 계산기 등을 클릭하거나 공제대상인 납입금액을 추가로 반영하여 종합소득세 신고서를 작성한 후 제출할 수 있습니다.

종합소득세 신고를 통해 추가로 공제에 반영한 연금계좌세액공제에 대한 연금저축납입액에 대한 증명서류는 국세청홈택스 → 신고/납부 → 종합소득세 → [증빙서류 제출]에서 스캔한 파일로 제출하실 수 있습니다.

답변내용이 도움이 되시기를 바라며, 항상 건강과 행복이 가득하시길 기원합니다.