개인의 경우는 소득세법 제25조 【총수입금액 계산의 특례】
① 거주자가 부동산 또는 그 부동산상의 권리 등을 대여하고 보증금ㆍ전세금 또는 이와 유사한 성질의 금액(이하 이 항에서 “보증금등”이라 한다)을 받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 사업소득금액을 계산할 때에 총수입금액에 산입(算入)한다.

법인의 경우는 법인세법 제11조 【수익의 범위】
법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. (2007. 2. 28. 개정)
1. 생략. 다만, 법 제66조 제3항 단서의 규정에 의하여 추계하는 경우 부동산임대에 의한 전세금 또는 임대보증금에 대한 수입금액은 금융회사 등의 정기예금이자율을 참작하여 기획재정부령이 정하는 이자율(이하 “정기예금이자율”이라 한다)을 적용하여 계산한 금액으로 한다. (2010. 2. 18. 개정)


따라서,위 국세청 답변과 서식설명을 종합하여 살펴보면,

개인사업자의 간주임대료는 수입금액에 포함된다고 소득세법에 규정되어 있으므로, (30)번항목에 기재하면 안되며,

법인사업자의 경우는 장부기장등을 하지 않아 법인세를 추계과세하는 경우에만 위 법인세법상 규정에 따라 수익에 해당하고, 일반적인 법인의 부가세법상 간주임대료는 수익이 아니므로, 일반법인의 간주임대료는  (30)번 항목에 기재하는 것이 타당합니다.

즉, 법인의 간주임대료는 법인세를 추계과세하는 경우에는 (30)항목에서 입력하지 않으며(법인세법상 수익이므로), 장부기장에 의해 법인세를 납부하는 일반법인의 경우에는 수익이 아니므로,  (30)항목에 기재하는 것이 타당할 것으로 판단됩니다.

다만, 서식설명문에는 소득세수입금액에서 제외되는 항목만 기재하는 것으로 설명이 되어 있으므로, 문어적으로만 해석하면, 법인의 경우는 어느 경우든 (30)번에 기재하지 않는다는 의미로 반대해석할 수도 있으나. 부가세 서식상 취지로 해석하면 위 결론에 이르는 애매함이 있긴 합니다.

감사합니다.