중소기업 취업청년에 대한 소득세 감면을 적용받으려는 근로자는 원천징수의무자인 회사에 병역관련서류를 첨부하여 "중소기업 취업자 소득세 감면 신청서"를 제출해야 하는 것이며 회사는 해당 근로자로부터 중소기업 취업자 소득세 감면 신청서를 제출 받는 경우 "중소기업 취업자 소득세 감면 대상 명세서"를 작성하여 원천징수 관할 세무서장에게 제출해야 하는 것입니다.
근로자가 직접 관할세무서에 관련서류를 제출하여 감면 받는 것이 아니라 회사의 급여담당자에게 관련 서류를 제출하여 감면신청 절차가 모두 진행된 이후에 감면 적용을 할 수 있습니다.
다만 종전근무지에 기한후 제출하는 경우에는 소득세 감면을 적용받을 수 있는 것이며 종전근무지에 감면신청서를 제출하지 않고 퇴사한 경우는 소득세 감면 적용을 받을 수 없는 것입니다.
따라서 종전근무지에서 퇴직자에 대한 감면신청서 제출을 허용하는 경우라면 종전근무지가 감면신청서를 제출받은 후 원천징수 관할 세무서장에게 감면대상명세서를 제출하는 경우 퇴직자에 대한 당초 근로소득 연말정산분에 대하여 소득세 감면 사항을 반영하여 근로소득 연말정산 재정산이 가능할 것이나 감면신청서 제출을 허용하지 않는다면 종합소득세 신고에 반영 혹은 이전년도분에 대한 경정청구도 불가능하기 때문에 소득세 감면 적용을 받을 수 없는 것입니다.
이처럼 퇴직자가 종전근무지에 중소기업 취업자 소득세 감면신청을 하지 않고 퇴직한 경우 종전근무지에서 감면신청을 허용해 주지 않아 소득세 감면을 받지 못하는 경우가 있기 때문에 2019. 1. 1.이후부터는 중소기업 취업자 소득세 감면 대상인 근로자가 퇴직한 경우 해당 근로자의 주소지 관할 세무서장에게 직접 감면 신청을 할 수 있도록 조세특례제한법을 개정했습니다.
부칙 (2018.12.24. 법률 제16009호)에 의하면 '이 법 시행 이후 신청하는 분부터 적용한다.'고 되어있어 2019. 1. 1이후 부터는 근로자가 과거년도 것도 경정청구를 통해 감면이 가능합니다.
[ 관련법령 ]
조세특례제한법 제30조【중소기업 취업자에 대한 소득세 감면】
② 제1항을 적용받으려는 근로자는 원천징수의무자에게 감면 신청을 하여야 한다. 다만, 퇴직한 근로자의 경우 해당 근로자의 주소지 관할 세무서장에게 감면 신청을 할 수 있다.
부 칙 (2018.12.24. 법률 제16009호)
제14조【중소기업 취업자에 대한 소득세 감면 신청에 관한 적용례】
제30조 제2항 및 제7항의 개정규정은 이 법 시행 이후 신청하는 분부터 적용한다.